Una vez cada año en el reino champiñón se celebra el festival anual del champiñón, el profesor Snugle reveló su mas nuevo invento: una especie de portal que altera genéticamente el adn del personaje que entra en el y altera su forma haciéndo que parezca una persona de la vida real.

Mario, Luigi, Peach, Daisy, Wario Y Wluigi toenen el honor de ser los primeros en utilizarla pero no sabían que había un problema con la máquina, la máquina ademas de convertirlos en personas reales los transformaba en adolecentes; ahora Mario y sus amigos son adolecentes.

Boswer se apróximaba para secuestrar a Peach y a Daisy aunque ahora tenían el aspecto de niñas de verdad las reconoció inmediatamente y las capturó,  para hacerle el rescate mas duro a Mario las dejó en algún lugar del mundo real y ahora es la misión de Mario y Luigi rescatar a las princesas en un mundo totalmente desconocido.